01 – Problématique
Nous avons peut-être la solution à votre problème
Nous proposons de vous rencontrer pour discuter de vos problématiques avec nos experts physico-chimistes et modélisateurs moléculaires. Ensemble, nous trouvons des solutions pour comprendre les interactions moléculaires permettant d’expliquer l’action de vos ingrédients et formulations. Voici quelques exemples d’applications :
– Évaluer in-silico la capacité des actifs à interagir et à pénétrer les membranes biologiques
– Étudier les propriétés physiques des membranes biologiques (paramètres d’ordre, aire par lipide, épaisseur…), en présence et en absence d’agents extérieurs
– Simuler des membranes spécifiques, telles que les membranes de peau (modèle du stratum corneum)
– Comprendre et prédire le mode d’action des antioxydants
– Décortiquer l’action du piégeage des radicaux libres
– Étudier les interactions ligand/récepteurs avec des protéines impliquées dans les mécanismes d’action qui vous intéressent
– Étudier les interactions intermoléculaires dans des couples de molécules
– Comprendre la couleur des ingrédients : stabilisation de pigments/colorants par interactions moléculaires (non-covalentes) naturelles (phénomène de copigmentation)
02 – Conceptualisation
« Si vous définissez correctement le problème, vous avez presque la solution. » Steve Jobs
La faisabilité, puis les étapes du projet, sont définis ensemble. Les possibilités de la modélisation moléculaire sont infinies mais les capacités de calcul et les théories modernes ne permettent pas de tout calculer. Les tailles des systèmes moléculaires et les questions auxquelles nous pouvons répondre sont anticipées dès les premiers rendez-vous. Nous proposons alors un devis détaillé… à l’échelle moléculaire !
03 – Modélisation et paramétrage 3d
L’étape cruciale qui nécessite nos compétences et notre expertise.
La première étape avant de réaliser les simulations moléculaires est cruciale. Elle vise à introduire dans le calcul les « bons » paramètres (flexibilité 3D des molécules, propriétés physico-chimiques intrinsèques des molécules, température, pression, environnement moléculaire…). Nous essayons de coller au mieux à vos conditions expérimentales et environnementales. À ce stade, nous revenons vers vous pour affiner ces paramétrages et discuter d’éventuels problèmes spécifiques à vos systèmes moléculaires.
04 – Supercalculateurs
Notre puissance de calcul à votre service
L’étape 4 consiste en la réalisation à proprement parler des simulations qui s’effectueront sur nos supercalculateurs. Le temps de simulation dépend de la taille des systèmes moléculaires ainsi que de l’échelle de temps des processus chimiques et biologiques étudiés. Le comportement du système moléculaire est suivi quotidiennement afin d’optimiser le temps de la simulation et la récolte des données.
05 – Résultats et rendus démontrés
Démêler la problématique et se la représenter à l’échelle atomique
« >À ce stade commence la moisson des données. Des analyses poussées sont réalisées pour répondre à votre problématique à l’échelle atomique. Nous serons alors en mesure de délivrer des données chiffrées et accompagnées des interprétations scientifiques basées sur l’échantillonnage de nombreux événements moléculaires en lien avec le processus étudié. De plus, nous proposons des visualisations étonnantes (images et vidéos) des interactions moléculaires et de la dynamique moléculaire des systèmes étudiés dans leur environnement (insertion d’une molécule dans une membrane, fluctuation d’une molécule dans le site actif d’une protéine, repliements conformationnels de molécules de grande taille en solution…).